Губа Вайда находится на полуострове Рыбачем, где издавна промысловики устраивали свои становища, из которых отправлялись на рыбную путину или убой морского зверя. Удобные якорные стоянки и близкое соседство с Норвегией способствовали промыслу и торговле. Поморами были составлены описания условий безопасных проходов к берегам и островам при различных состояниях погоды и положениях уровня моря, использованные впоследствии в изготовлении лоций.
К концу XVIII века всевозрастающая потребность Российского государства владеть ресурсами богатейшего промыслового района и незамерзающими водами, стягивающими в единый торговый узел морские дороги в западные страны, обусловила необходимость исследования побережья Мурмана в гидрометеорологическом отношении. Гидрометеорологической службой Отдела Торговых портов Министерства торговли и промышленности для обслуживания промыслов и обеспечения безопасности мореплавания в прибрежной зоне, на берегах Баренцева моря при маяках стали организовываться гидрометстанции, одна из которых Вайда-Губа.
Наблюдения на станции были начаты 12 июня 1893 года и продолжались до 1921 года. В «Отчете сельскохозяйственной кустарно-промышленной выставки Северного края за 1903 год», среди награжденных участников, в группе метеорологов значится имя одного из первых наблюдателей – смотрителя маяка Ивана Матвеевича Рюхина, представившего наблюдения метеорологической станции 2-го разряда 1 класса в Вайда-Губе и выработанные им основы предсказания погоды по барометру.
В период с 1921 по 1940 год станция находилась на территории, отошедшей Финляндии по Тартускому мирному договору, и называлась Вайтолахти. После окончания успешной для СССР Советско-финской войны 1939-1940 годов, граница между двумя странами вновь была изменена и Вайда-Губа оказалась на советской территории.
29 июня 1941 г. фашистские дивизии перешли границу в Заполярье и устремились к Мурманску. В тылу у них остался особо значимый в стратегическом отношении полуостров Рыбачий, гарнизон которого героически оборонялся в течение 1195 дней. ГМС Вайда-Губа находилась в районе боевых действий. Данные ее гидрометнаблюдений были крайне важны для составления прогнозов погоды, от точности и своевременности которых в немалой степени зависели результаты боевых действий на море и в воздухе и успешность операций по прохождению караванов транспортных судов в порт Мурманск. В программу работ входили: метеорологические, шаропилотные и морские прибрежные наблюдения; подача штормовых предупреждений об опасных явлениях погоды; обработка материалов наблюдений и подготовка ежемесячных гидрометеорологических отчетов.
Самоотверженный труд заполярных гидрометеорологов был высоко оценен. За успешное гидрометобеспечение боевых действий начальник ГМС Вайда-Губа Я.В. Бондаренко и наблюдатель Н.В. Красавин награждены медалями «За оборону Советского Заполярья».
Географическое расположение гидрометстанции Вайда-Губа и в настоящее время определяет значимость, производимых на ней наблюдений. Информация о параметрах ветра и волнении используется для ежедневных прогнозов погоды и важна судам, работающим в прибрежных районах Баренцева моря. Данные о температуре воды и воздуха необходимы при анализе термических условий побережья Мурмана.
Согласно плану работы наблюдательной сети ФГБУ «Мурманское УГМС» на станции выполняются круглосуточные восьмисрочные метеорологические наблюдения, а также морские прибрежные гидрологические наблюдения.
С 1 октября 2013 года наблюдения за основными метеорологическими характеристиками (температурой и влажностью воздуха, атмосферным давлением, направлением и скоростью ветра, температурой поверхности почвы) проводятся по датчикам автоматического метеорологического комплекса (АМК), установленного в рамках реализации проекта «Модернизация и техническое перевооружение учреждений и организаций Росгидромета». Наблюдения над видимостью, характеристиками облачности и атмосферными явлениями осуществляют техники-метеорологи. Полученные данные участвуют в оперативном обмене и пополняют Единый государственный фонд данных о состоянии окружающей среды, ее загрязнении.
Морская гидрометстанция Вайда-Губа является обладателем Почетного свидетельства векового пункта наблюдений.